复旦大学文史研究院成立于2007年3月10日，是教育部指定的国家哲学社会科学创新基地，作为文学、历史和哲学研究的一个平台，致力于沟通文、史、哲不同学科的交流与融合，推动世界视野中的中国文化研究，并努力推动各种新文献和新资料的整理，建设一个从事中国文史研究的国际性、开放性的学术研究机构。

文史研究院首任院长为葛兆光教授（2007-2013年在任），现任院长为杨志刚教授，研究院设有学术委员会和国际评鉴委员会。2013年起，新一届的学术委员会由十一名海内外学者组成，负责制定学术发展方向、拟定研究课题并鉴定、验收研究成果、协助审查研究人员资格；国际评鉴委员会由七名海内外学者组成，对研究院的各种工作给予监督与评鉴，并提出改进意见。院内有院务工作小组，负责协调研究院的内部行政工作，加强与校内各院系的联系，以及开展日常学术活动与学术交流等事务。

目前，复旦大学文史研究院共有十二名专职研究人员，从事各领域的跨学科研究。此外，文史研究院博士后工作站每年招聘新的博士后研究人员，“亚洲宗教、艺术与历史研究”博士与硕士招生项目每年也招收若干名博士生与硕士生。成立以来，文史研究院坚持明确的研究方向、严肃的学术品格与充分的国际合作，在学术出版、举办学术会议和讲演、人才培养及教学等方面取得了一定的成绩，获得了海内外同行的广泛好评。